製品案内

  • カタログダウンロード
  • アプリケーションノート
  • キャンペーン情報はこちら
  • デモ機サンプルはこちら
  • 製品動画はこちら
  • 03-3545-5720(東京)
  • 06-7739-7114(大阪)
お問い合わせはこちら

Watchmaker RNA Library Prep Kits with Polaris Depletion

Watchmaker RNA Library Prep Kits with Polaris Depletionを使用して、ストランド情報を持つ全トランスクリプトームシーケンスライブラリーを迅速に準備できます。高度に効率化されたPolaris Depletionモジュールは、ヒト、マウス、およびラットのサンプルに豊富に存在するrRNAおよびグロビン転写産物を除去し、長い非コードRNAを含む生物学的に興味深い転写産物のカバレッジを改善します。

自動化にも適したワークフローは、ビーズ精製と反応ステップを減らすことで、所要時間、ハンズオンタイム、および消耗品の使用を削減します。新しく設計された逆転写酵素は、RNAからcDNAへの変換を改善し、1ngから1000 ngのトータルRNAおよび FFPE由来のRNAで高品質のパフォーマンスを可能にします。

特徴と利点

  • FFPEや1ngの低インプットサンプルを含む、臨床関連サンプルで感度を向上
  • rRNAおよびグロビンの除去を含めて4.5時間未満で複雑なライブラリーを生成
  • 精製と試薬添加の工程を減らして自動化を改善
  • 異なるワークフローを、幅広いサンプルタイプとインプット量に互換性のある1つのプロセスに統合
  • RNA-Seqアプリケーションのために調整された逆転写酵素で性能優位性を実現

アプリケーション

  • FFPE等の分解されたサンプルのRNA-Seq
  • long non-coding RNAの検出
  • 融合遺伝子、スプライシングバリアント/アイソフォームの検出
  • 遺伝子発現解析
  • 新規転写産物の探索
  • 一塩基バリアント(SNV)の検出
  • ハイブリダイゼーションキャプチャーによるターゲットシーケンス解析

ワークフロー


拡大表示

図1. 自動化の改善と所要時間の短縮。Watchmakerソリューションは、酵素ステップを組み合わせて短縮し、市販のキットと比較してビーズ精製が少ないため、高度に自動化されたワークフローと短縮されたハンズオンタイム (プレートあたり最大1時間)、消耗品の削減 (プレートあたり最大1,000ピペットチップ)を可能にします。

パフォーマンス

FFPEサンプルのためのライブラリー調製

固定中に生じたテンプレートの損傷と残留する架橋の存在により、FFPEサンプルの処理は本質的に困難です。Watchmakerの新しいFFPE処理ステップは、RNA-seqアプリケーション用に特別に設計された逆転写酵素との組み合わせにより、優れた感度を提供し臨床関連サンプルの研究を手助けします。

図2.分解したサンプルからより多くの遺伝子を検出。5つのFFPEサンプル100ngから、rRNAとグロビンを除去しライブラリーを調製しました。データは16Mペアリードにダウンサンプリングされています。

極低量インプットのサンプルで感度を向上

堅牢で再現性のあるサンプル処理は、穿刺吸引細胞診などのRNA量が制限されているアプリケーションやサンプルでは困難な場合があります。Watchmaker RNA Library Prep Kits with Polaris Depletionにより、わずか1 ngのRNAで高品質のライブラリーを生成できます。

図3.シーケンスの経済性と遺伝子検出感度を改善。全血サンプルからRNAライブラリーを調製しました。データは16Mペアリードにダウンサンプリングされています。左:リファレンスへのアライメントの失敗もしくはrRNA、グロビン領域へのアライメントにより浪費された塩基の割合。右:同定された遺伝子のオーバーラップ解析結果。浪費した塩基の少なさ、独自に検出された遺伝子の多さはWatchmakerソリューションの感度改善を示します。

幅広いインプット量間で定量的な遺伝子発現情報を維持

高インプット、低インプットから調製されたライブラリー間で同定される遺伝子とその存在量が一致することは、RNAインプット量が減少してもサンプルの複雑性がどれだけ維持されているかを示しています。理想的には、相対的な遺伝子発現プロファイルは、特定のサンプルのインプット量全体で一貫していなければなりません。Watchmakerは、RNAインプット量が500ngから10ngに減少しても、遺伝子発現プロファイルをより少ない歪みで維持します。

図4.低インプットでのデータの歪みを防ぎます。全血サンプル由来の500 ngおよび10 ngのRNAから、rRNAとグロビンを除去した後にライブラリー調製を行いました。データは16Mペアリードにダウンサンプリングされています。DESeq2を使用して500 ng (コントロール)と10 ngの全血サンプル間の発現差を比較解析しました。

lncRNAをカバーする効率的な血液サンプルのシーケンス

従来のmRNAキャプチャーを使用すると、30%以上の塩基がこれらの転写産物にマッピングされるため、多量の血液サンプル中のグロビンmRNAは効率的なRNAシーケンシングに問題をもたらします。さらに、mRNAキャプチャーでは、調節機能があるとされるlncRNAの重要なサブセットが含まれません。Polaris Depletionは、rRNAとグロビン mRNAの両方を除去すると同時に、少なくとも 肺がん、乳がん、膵臓がんなど17種類のがんに関わるMALAT1などのlncRNAの優れたカバレッジをもたらします。

図5.効率的なlncRNAの検出。Polaris Depletionは、rRNAとグロビンmRNAを同時に除去することでライブラリー調製とシーケンスの効率を改善し、重要なエクソンとlncRNAに焦点を当てます。

製品情報

製品名 24反応 96反応
Polaris Depletion Kit - rRNA/Globin (HMR)incl. reagents required for rRNA and globin depletion 7K0077-024 7K0077-096
Watchmaker RNA Library Prep Kitincl. reagents required for RNA library prep and amplification 7K0078-024 7K0078-096

PAGE TOP