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Watchmaker mRNA Library Prep Kits
Watchmaker mRNA Library Prep Kits は、操作とクリーンアップの工程を減らし、5 時間以内にstranded mRNA-seq ライブラリーを調製します。自動化を念頭に置いて設計されたキットには十分な余分量が含まれており、poly (A) 濃縮中にオンビーズの洗浄ステップを活用して、再懸濁と洗浄の時間、さらには消耗品の使用を削減します。
単一の柔軟なワークフローを使用して、ストランド情報を維持できない特殊な低インプット用ソリューションを必要とせずに、幅広い total RNAインプット範囲 (2.5 ng〜1 μg) を処理します。Watchmaker mRNA Library Prep Kitは、困難な低インプットサンプルであっても、優れた遺伝子検出感度を実現する非常に複雑性のあるライブラリーを提供します。
特徴と利点
- Stranded mRNAライブラリーを5時間以内に調製し、一日以内に完了できます
- 困難な低インプットサンプル (最低 2.5 ng) においてライブラリーの複雑性と遺伝子検出感度の向上
- オンビーズ洗浄ステップ、少ないクリーンアップと操作工程、十分な余分量で簡単に自動化をサポートします
- RNA シークエンシングに特化した新しい逆転写酵素を活用
アプリケーション
- 遺伝子発現解析
- 新規転写産物の発見
- 融合遺伝子の検出
- 一塩基バリアント（SNV）の検出
- スプライシングバリアント/アイソフォームの検出
- パスウェイ解析
ワークフロー
ビーズのクリーンアップを減らし、反応ステップを統合して短縮することで、5 時間以内にシーケンシング可能なライブラリーを調製します。 さらに、mRNA キャプチャー中の「オンマグネット」ビーズ洗浄により、洗浄ステップ中にビーズを再懸濁する必要がなくなり、磁性ビーズでの濃縮時間が短縮されます。 自動化は、リキッドハンドラーのデッドボリューム要求を満たすために十分な余剰量の試薬供給によってさらにサポートされます。
図1. スケーラブルなサンプル調製のためのシンプルかつ迅速なワークフロー。 Watchmaker mRNA Library Prep Kit は、反応ステップを統合して短縮し、他の市販キットよりもクリーンアップの回数が少なくなります。
高効率のライブラリー調製でシーケンス経済性を最大化
有用ではないリボソーム RNA (rRNA) のリードは、シーケンシング実行の能力を実質的に制限します。400 倍のインプットレンジにわたって優れた mRNA 濃縮とライブラリー調製効率を提供するソリューションにより、無駄なリード数を削減します。この広い入力範囲により、ストランド情報を維持しない特殊な低インプット用ソリューションを必要とせずに、単一のワークフローを使用できるようになります。
図2. rRNAコンタミネーションと重複リードによる塩基の無駄を少なくします。乳房組織 から抽出されたバルクトータル RNA (RIN 7) から、Watchmaker mRNA Library Prep Kit、KAPA mRNA HyperPrep Kit、NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit と磁性ビーズによるpoly(A) mRNA精製により、さまざまな RNA インプット量からライブラリーを 4 つずつ調製しました。
困難な低インプットサンプルからより多くの情報を獲得
RNA ライブラリーの調製効率は、サンプルインプット量が制限されると急激に低下します。これにより複雑性のボトルネックが生じ、有用な生物学的洞察を導き出すことが困難になります。Watchmaker mRNA Library Prep Kit は、少ないインプットでパフォーマンスが向上するように特に最適化されており、固有の遺伝子検出の増加と重複リードの減少という形で優れたライブラリー複雑性を実現します (図2を参照)。
図3. 低インプットサンプルからのライブラリー複雑性と遺伝子検出感度を向上。Watchmaker ソリューションは、大幅に改善されたワークフローに加えて、低インプットサンプルからRNA量が制限されていない場合に相当する数の固有の遺伝子を検出します。固有の遺伝子は、少なくとも5つの固有の生データのリードによって裏付けされる遺伝子として定義されました。実験詳細については図2も参照下さい。
遺伝子発現データの整合性をより適切に保持
遺伝子発現データの歪みは、非効率的なライブラリー調製のもう 1 つの症状であり、多くのソリューションでは中程度または高度に発現される遺伝子と比較して、存在量の少ない遺伝子の相対的なカバレッジが失われます。その結果、得られるデータは元のサンプルを代表しないものになってしまいます。
Watchmaker mRNA Library Prep Kit は、幅広いインプット範囲にわたって一貫した定量的な発現情報を提供し、結果に信頼性をもたらします。
図4. 低インプット時のデータの歪みを軽減します。
他社のキットでは 10 ng で低存在量の遺伝子の表現が失われるのに対し、Watchmaker ソリューションでは失われないことが結果から示されました。さらに、Watchmakerライブラリーは、10 ngライブラリーと100 ngライブラリーの間で異なった形で発現量を示した遺伝子が少なく、遺伝子発現プロファイルが全体的により良好に一致していることを示しています。
GCリッチ領域を含むベースカバレッジ改善
選択的スプライシングやアイソフォーム解析などの機密性の高いアプリケーションでは、転写物のカバレッジの均一性さえも重要です。Watchmaker mRNA Library Prep Kit は、RNA インプット全体にわたって一貫したカバレッジ均一性を提供し、Equinox DNA ポリメラーゼを活用して GC リッチ領域のカバレッジを向上させます。
図5. 改善され一貫性のあるカバレッジの均一性。
Watchmaker ソリューションでは、10 ngのRNAから同等のシーケンス深度で、GCリッチなエクソン1を含む SLC2A4RG 遺伝子を全体的により深くカバーしています。