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Watchmaker DNA Library Prep Kits with Fragmentation
Watchmaker DNA Library Prep Kits with Fragmentationは、非常に繊細な臨床およびトランスレーショナルアプリケーションにおいて、超微量インプットおよびFFPEを含む幅広い生物学的サンプルタイプから有意義な洞察を得ることを、比類のない精度とスケーラビリティで可能にします。
このワークフローは、自動化の容易さ、スケーラビリティの向上、低インプットサンプルの保持など、酵素による断片化プロセスの利点を活用する一方で、キメラ配列やヘアピン構造など、バリアントコールを複雑にするライブラリー調製のアーティファクト生成を軽減します。さらに、Equinoxポリメラーゼを使用することにより、非常に忠実性が高く低バイアスのライブラリー増幅を提供します。
特徴と利点
- シーケンスアーティファクトを最大90%削減し、繊細なアプリケーションに不可欠なアッセイ精度を向上させます
- ライブラリー増幅ポリメラーゼのエラー率とUMIカバレッジを改善し、希少変異の検出を可能にします
- 堅牢な断片化およびライブラリー調製効率は、低インプットや分解した臨床関連サンプルタイプの使用をサポートします
- 高度に調整可能な断片化により、広いインプットレンジ（<1 ng〜500 ng）およびライブラリバッチ間で一貫したライブラリーサイズを提供します
- 合理化したワークフローにより、PCRフリーのライブラリーを90分未満で調製し、多サンプルおよび自動化プラットフォームへの拡張も容易
- 均一なカバレッジによりシーケンスの効率性を改善
アプリケーション
- 体細胞変異の検出とその他低頻度バリアントの検出、FFPE等の難易度の高いサンプルのNGSアッセイ
- 遺伝性疾患のシーケンス
- ヒト全ゲノムシーケンス PCRフリーを含む
- 全エクソームシーケンス
- シングルセル解析
- メタゲノム解析
- バルクRNAシーケンス（cDNAをインプットとして）
- ウイルスゲノムシーケンス
微生物の全ゲノムシーケンス
ワークフロー
図1. 簡略化された容易な自動化ワークフロー。Watchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentationは、複合的な酵素反応ステップ（FRAG/AT）と調整済みのライゲーションマスターミックスにより、広く使われている断片化酵素キット（サプライヤーA）と比較して、ハンズオン時間を短縮し、ライブラリー構築を簡易にします。
パフォーマンス
繊細なアプリケーションを可能にする、シーケンスアーティファクトの低減
Watchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentation は、超音波処理に関する多くの問題を軽減し、自動化を容易にしてスケーラビリティを向上させます。また、しばしば酵素的断片化と関連付けられるキメラ配列やヘアピンアーティファクトに起因する誤ったSNVなどのシーケンスアーティファクトの形成を軽減します。これらのアーティファクトは、サンプル内の真の構造バリアントやSNVの識別を複雑にし、特にアレル頻度が低いバリアントコールなどの高度に繊細なアプリケーションに影響を与えます。
図2左． キメラ配列の軽減は真の構造バリアントの識別を可能にします。ライブラリーをWatchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentation、広く使用される断片化用酵素キット、もしくはソニケーションを用いて1ngのヒトgDNAから調製しました。
図2右． ヘアピンアーティファクトを軽減しアッセイ感度を向上させます。10, 50, 100 ngのヒトgDNAから、各キットを用いてライブラリーを調製しました。
忠実性の高い増幅で精度を向上
Equinox Library Amplification Master Mixには、超高忠実度増幅用に最適化された独自のプルーフリーディングポリメラーゼが含まれており、高忠実度のPCRホットスタート DNAポリメラーゼと比較して全体的なポリメラーゼエラー率が40%減少しています。これにより、全体的なエラー率を最小限に抑え、誤ったバリアントコールを減らすことで、感度の高いバリアント検出が可能になります。C>T置換の大幅な減少は特に重要で、この変異はメチル化シトシンからウラシルへの自然発生的な脱アミノ化に関連しており、癌で最も一般的な変異タイプの 1つです。
図３．ポリメラーゼのエラー率が全般的に最大40%減少します。Equinox Library Amplification Master Mix と、広く使用されている高忠実度増幅キットのエラー率を、独自のNGSベースのアッセイを使用して測定しました。
堅牢なパフォーマンスで臨床関連サンプルの有用性を向上
困難な臨床関連サンプルタイプは、従来から再現性よく処理することが困難でした。超音波処理を使用してgDNAをせん断する場合、インプット量がごくわずかであるため、固有のサンプルロスの問題が生じます。FFPEサンプルは、腫瘍学研究にとって重要ですが、通常、固定プロセスの結果として非常に損傷を受けます。Watchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentationは、インプット量が非常に少なくサンプルが劣化していても高品質のライブラリーを提供し、アダプターダイマーの混入が非常に少なく、配列データから意味のある生物学的解釈を引き出します。
図４左．5,000倍のインプットレンジで一貫した断片化。各インプット量のヒトgDNAから、20分、30℃で断片化処理を行いました。
図４右．幅広い品質のサンプルからのライブラリー調製。25ngの高品質、ホルマリン固定により中程度もしくは深刻に損傷した標準サンプルからライブラリーを調製しました。
幅広いアプリケーションに適合する調整可能なフラグメンテーション
Watchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentationは、反応時間と温度の両方を調整することで、高度に調整可能な DNA 断片化を実現します。達成可能な幅広いライブラリー分布により、ワークフローはさまざまなアプリケーションおよびシーケンスリード長と広く互換性があります。
図５．ライブラリーサイズはアプリケーションに応じて容易に調整できます。50ngのヒトgDNAから、各反応温度と時間で調製しました。
均一なシーケンスカバレッジでシーケンスの経済性を向上
Watchmaker DNA Library Prep Kits with Fragmentationは、複雑なゲノム全体で均一なシーケンスカバレッジを提供します。これにより、関心のあるすべての領域で目的のカバレッジ深度を達成するために必要な全体的なシーケンス量とその関連コストを削減できます。
図６．複雑なゲノムでも均一なカバレッジ。1ngのヒトgDNAから、Watchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentation、広く使用されている2つの断片化酵素キットを使用して調製しました。
製品情報
| 製品名 | 24反応 | 96反応 |
| Watchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentation including Equinox Library Amplification Master Mix (2X) and P5/P7 Primer Mix (10X) | 7K0019-024 | 7K0019-096 |
| Watchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentation(PCR-free) | 7K0013-024 | 7K0013-096 |
| Watchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentation including Equinox Library Amplification Master Mix (2X) | 7K0022-024 | 7K0022-096 |