Watchmaker DNA Library Prep Kit

Watchmaker DNA Library Prep Kitは、特にインプット量の少ないリキッドバイオプシーサンプル (cfDNAおよびctDNA)の場合において、テンプレートDNAからシーケンス可能なライブラリーへの変換を増加させ、カバレッジおよびシーケンスの経済性を向上させます。効率化された自動化に適したワークフローは、WGSやターゲットシーケンスなどのさまざまなアプリケーション向けに、断片化されたDNAテンプレートからの堅牢かつ柔軟なライブラリー調製をサポートします。
cfDNA、FFPE、ChIPなどの困難なサンプルから、バイアス、アーティファクト、ポリメラーゼエラーを最小限に抑えながら、複雑性の高いライブラリーを調製します。メチルシーケンスアプリケーションには、Equinoxウラシル耐性ライブラリー増幅キットと組み合わせてください。

特徴と利点

• より多くのDNAをシーケンス可能なライブラリー分子に変換し、感度を向上させます。特にリキッドバイオプシーからの臨床関連cfDNAに有効です
• わずか 500 pg (最大1 μg) から非常に複雑なライブラリーを調製
• シンプルで自動化可能なワークフローにより、2 時間以内にライブラリーを調製
• Equinox Uracil Tolerant Amplification Kitと組み合わせることで DNAメチル化解析をサポートし、優れた収量と均一性を実現します

アプリケーション

ワークフロー

図1. シンプルで自動化可能な DNA ライブラリー調製ワークフロー。 Watchmaker DNA Library Prep Kit (cfDNAおよびDNAメチル化解析に適しています) と、DNAせん断酵素を含むキットであるWatchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentation (FFPEライブラリー調製およびその他のゲノミクスアプリケーションに適しています) はどちらも、わずか 2 時間でライブラリー調製を可能にし、自動化を考慮して設計されています。

パフォーマンス

より多くのDNAをシーケンス可能なライブラリーに変換してカバレッジと複雑性を向上

Watchmaker DNA Library Prep Kitは、困難な低インプットサンプルでの変換効率の向上により、リキッドバイオプシーなどのテンプレートが制限されたアプリケーションにとって優れた選択肢となります。インプットDNAからアダプターが連結されたライブラリーへの変換が増加すると、ライブラリーの複雑さとカバー率が向上します。

図2. cfDNAからのライブラリー収量の向上。1ngのIsoPure cfDNAから調製された最終ライブラリーのトレース。それぞれ各社の推奨するプロトコールで3回のライブラリー調製を行いました。Watchmakerのライブラリーは他社キットに比べおよそ9倍の収量となりました。アダプター濃度を高める最適化により、さらに収量が20-25%改善しました。いずれのプロトコールにおいてもアダプターダイマーは見られませんでした。

セルフリーDNAから最高レベルのパフォーマンス

自然に断片化されたセルフリーDNA (cfDNA)は、幅広い疾患や症状に対する新しい非侵襲性バイオマーカーであり、オンコロジーから出生前診断および移植医学に至るまで多くの研究分野に革命をもたらしています。Watchmaker DNA Library Prep Kitは、ダイレクトおよびターゲットcfDNAシーケンシングの両方に対応する効率化された高性能ワークフローを提供し、サンプルの損失、アダプターダイマーのコンタミネーション、バイアス、アーティファクトを最小限に抑えます。

図３．cfDNAでのカバレッジの改善。飽和近くまでシーケンスされたライブラリーの重複排除UMI カバレッジ (重複率 ≥95%)。Watchmakerライブラリーの平均カバレッジは、他のキットで調製されたライブラリーと比較して20 〜 30%高くなりました。cfDNAライブラリーは、検証済みの0.1%のアレル頻度 (AF)で8つの変異を含む1 ng、10 ng、または 25 ng のリファレンスサンプル (HD779、Horizon Discovery) から、3つずつ構築されました。右図は、25 ng ライブラリーのターゲット領域全体にわたる累積カバレッジを示しています。影付きの領域は、他社製品と比較してWatchmakerライブラリーのカバレッジが向上していることを示しています。

リキッドバイオプシーサンプルに対するバリアントコールの感度を向上

リキッドバイオプシーアプリケーションでは、非常に限られたサンプル量からわずかな変異 (通常は1%未満) を検出する必要があります。cfDNA テンプレートからシーケンス可能なライブラリーへの変換が増加すると、限られたインプット量からのライブラリーの複雑性が高まり、より深いカバレッジと高い感度でcfDNAサンプルからの信頼性の高いバリアントコールが可能になります。

図４左．希少バリアントのカバレッジを改善。0.1%のアレル頻度（AF）と予想される6つのSNVのベースカバレッジの深度。NEB複製ライブラリーの1つで検出されなかった1つの真陽性(*)を除き、予想されるすべての変異がすべての複製で検出されました。右. ≥3,000X でカバーされた塩基の割合。Watchmakerキットは他のキットと比較して3.5倍の改善をもたらし、これはcfDNAサンプルからのバリアント検出感度とシーケンスの経済性に重大な影響を与えます。統計モデリングにより、変異アレル数が 1 以上で、95%の信頼区間内で非常にまれなアレル頻度(AF=0.1%) をコールするのに必要な最小カバレッジは3,000Xであると決定しました。

幅広いアプリケーションに適合する調整可能なフラグメンテーション

FFPE サンプルは臨床サンプルのNGS解析で広く使用されていますが、品質のばらつきが大きく、サンプル量が限られているため、課題が生じています。FFPEサンプルには、断片化酵素を備えたWatchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentationが推奨されますが、この標準的なDNA Prep Kitは、すでに断片化されているFFPEサンプルや、せん断方法に超音波処理が好ましいFFPEサンプルに対しても、同様のワークフローとパフォーマンスの利点を提供します。

図５．様々な品質のFFPEサンプルからのカバレッジの改善。Watchmakerソリューションを使用して調製されたライブラリーのカバレッジは、他のキットと比較して10 〜 50%高く、低品質および中品質のサンプルで最も大きな違いが観察されました。各社のキットを使用して、それぞれの推奨プロトコールに従って10 ngまたは50 ngの低品質 (LQ)、中品質 (MQ)、および高品質 (HQ) のFFPEサンプルからFFPEライブラリーを調製しました。

製品情報

製品名	24反応	96反応
Watchmaker DNA Library Prep Kit including Equinox Library Amplification Master Mix (2X) and P5/P7 Primer Mix (10X)	7K0102-024	7K0102-096
Watchmaker DNA Library Prep Kit (PCR-free)	7K0101-024	7K0101-096
Watchmaker DNA Library Prep Kit including Equinox Library Amplification Master Mix (2X)	7K0103-024	7K0103-096

製品資料

Watchmaker DNA Library Prep Kit製品カタログ

Watchmaker DNA Library Prep Kitユーザーガイド