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Equinox Library Amplification Kits

Equinox Library Amplification Kitsは、優れた忠実度、均一なシーケンスカバレッジ、高度なライブラリーの複雑性を提供し、希少バリアントの検出、セルフリーDNA (cfDNA) 解析、シングルセル解析、ハイブリダイゼーションキャプチャーなどのアプリケーションの厳しい要求に特に対応します。キットには、高効率で低バイアスのNGSライブラリー増幅用に処方された最適化されたホットスタートPCRミックスに、独自に設計された超高忠実度 DNA ポリメラーゼが含まれています。

特徴と利点

  • 取り込みエラーを最大40%軽減する非常に忠実度の高い増幅
  • 堅牢な断片化およびライブラリー調製効率は、低インプットや分解した臨床関連サンプルタイプの使用をサポートします
  • 効果的なホットスタート処方で、低インプットと自動化アプリケーションに重要なポリメラーゼとエキソヌクレアーゼの活性を阻害
  • 幅広いインプット量(0.1 pgから500 ng)とGC含有量(15%から85%)から効率的なライブラリー増幅
  • 非常に均一な配列カバレッジにより、配列決定の経済性を最適化
  • 常磁性ビーズとの親和性により、ハイブリッドキャプチャワークフローでの堅牢なパフォーマンスを確かなものに
  • Equinox Uracil Tolerant Library Amplification Kitsを使用する事で、バイサルファイト変換されたDNAに対応します

アプリケーション

  • FFPEやcfDNAなどの困難なサンプルを利用するものを含む、低頻度バリアント検出のためのNGSアッセイ
  • ハイブリダイゼーションキャプチャーのワークフロー
  • シングルセル解析
  • 全ゲノムシーケンス
  • アンプリコンシーケンス
  • RNA-Seq
  • ChIP-Seq、ATAC-Seq、および関連するエピジェネティックアプリケーション
  • イルミナ/非イルミナのワークフロー
  • バイサルファイト処理したDNA

フレキシブルなキット構成

Equinox Library Amplification Kitsは、次世代シーケンサー (NGS) ライブラリーの高効率、高忠実度増幅のために設計されています。Ready-to-useのミックスには、最適化されたPCRバッファーとホットスタート酵素の処方が含まれており、幅広いインプット量とGC含量率においてバイアスとエラーを最小限に抑えたライブラリー増幅を可能にし、様々な常磁性ビーズの存在下でも性能が維持されます。
3種類のEquinox Library Amplification Kitを用意し、それぞれ増幅用プライマー有り / 無しで提供されます

パフォーマンス

繊細なアプリケーションを可能にする超高忠実度システム

Equinox Amplification Master Mixには、超高忠実度の増幅用に最適化された独自のプルーフリーディングポリメラーゼが含まれており、他社キットと比較して全体的なポリメラーゼエラー率を40%減少します。これにより、全体的なエラー率を最小限に抑え、誤ったバリアントコールを減らすことで、感度の高いバリアント検出が可能になります。この変異はメチル化シトシンからウラシルへの自然発生的な脱アミノ化に関連しており、癌で最も一般的な変異タイプの1つでもあるため、C>T置換の大幅な減少は特に重要です。

図1.ポリメラーゼ全体のエラー率が最大40%減少。900万以上の塩基取り込み後に、独自のNGSベースのアッセイによりエラー率を測定しました。

低バイアスの増幅で均一なUMIファミリーカバレッジを実現

Unique Molecular Indices (UMI;分子バーコードとしても知られる)は、PCR増幅の前にシーケンシングライブラリーに追加され、PCR重複の正確なバイオインフォマティクス識別を可能にし、低インプット量アプリケーションでのバリアントコールを改善します。ただし、少数の分子が他の分子を犠牲にして優先的に増幅される偏った増幅は、UMIファミリー全体で不均一さをもたらし、エラー修正に対応しない多数のシングルトンUMIビンを生成する可能性があります。存在量の少ない配列の必要なカバレッジを達成するには、かなりの量の追加のシーケンスが必要になる場合があります。Equinox Library Amplification Kitは、UMIファミリー全体で均一な増幅を可能にし、平均ファミリー深度の3倍以内ですべてのリードファミリーの75%を超える (GC含有量が25〜75%のリードファミリーでは90%を超える)カバレッジをサポートします。

図2左.UMIファミリーの均一なカバレッジ。ヒトgDNAからUMIを含むアダプターを使用して全ゲノムライブラリーを調製し、qPCRで定量しました。ライブラリーを希釈し、80,000分子から26サイクルの増幅を行いました。

効果的なホットスタート処方で自動化のパフォーマンスを保護

Equinox Amplification Master Mixは、5'→ 3'ポリメラーゼと3' → 5'エキソヌクレアーゼ活性の両方を強力に阻害する非常に効果的なホットスタートメカニズムで処方されています。このような阻害は、プライマーおよび低インプットサンプルの分解、ならびに非特異的増幅に起因するアーティファクトを軽減し、低インプットアプリケーションでの感度を改善し、自動ライブラリー構築をより容易にします。

図3.改良されたホットスタート性能。25℃のインキュベーション後に、dNTPの取り込みとdNMP排出の検出により、それぞれのポリメラーゼおよびエンドヌクレアーゼ活性を評価しました。

高効率の増幅により、バイアスとアーティファクトを抑制

Equinox Library Amplification Kitは高効率の増幅を提供し、下流のステップで目的の収量を生成するために必要なサイクル数を減らすことで、増幅バイアスとアーティファクトを抑制することを可能にします。1000 ng以上の収量をターゲットとする場合でも増幅効率は安定しており、ハイブリダイゼーションキャプチャーワークフローなど、高収量が要求されるアプリケーションのバイアスを最小限に抑えます。

図4.効率の高いライブラリー増幅。ヒト全ゲノムライブラリー10ngから、各社増幅キットを使用して、0〜12サイクルでそれぞれ増幅しました。収量はqPCRベースのライブラリー定量化により決定されました。

均一なライブラリー増幅でシーケンスの経済性を改善

Equinox Library Amplification Kitは、常磁性ビーズが存在する場合でも増幅バイアスを最小限に抑えます。これにより、ワークフローが簡素化されるだけでなく、ハイブリダイゼーションキャプチャワークフローとの互換性を確実にします。さらに、Equinoxは、複雑なゲノム全体でカバレッジの均一性を提供し、望ましいカバレッジ深度を達成するために必要なシーケンシングの量を減らすことができます。

図5.常磁性ビーズ存在下での均一なシーケンスカバレッジ。非常に少量(0.04pg)のアダプターがライゲートされたヒト全ゲノムライブラリーを、常磁性ビーズがあるもしくはない状態でEquinoxを使用して26サイクル増幅しました。カバレッジのプロットは、ライブラリー調製の影響を緩和するために非増幅ライブラリーを指標としました。青線はカバレッジプロットの平滑化曲線を、赤線はGC含有の濃度を示します。

製品情報

製品名 24反応 96反応 384反応
Equinox Library Amplification Kit
Includes P5/P7 Primer Mix(10x)
7K0014-024 7K0014-096 7K0014-384
Equinox Library Amplification Kit
(w/o primers)
7K0021-024 7K0021-096 7K0021-384
Equinox HC Library Amplification Kit
Includes P5/P7 Primer Mix (10x)
  7K0094-096 7K0094-384
Equinox HC Library Amplification Kit
(w/o primers)
  7K0065-096 7K0065-384
Equinox Uracil Tolerant Amplification Kit
Includes P5/P7 Primer Mix (10x)
7K0023-024 7K0023-096 7K0023-384
Equinox Uracil Tolerant Amplification Kit
(w/o primers)
7K0028-024 7K0028-096 7K0028-384

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