Baseline-ZERO™ DNase

アプリケーション

• 少量サンプルのtotal RNA調製物からゲノムDNAを除去して、発現解析の用途（図1）
• 小型のDNAオリゴヌクレオチド（ランダムプライマーなど）の除去

Baseline-ZERO™ DNase*は、一般に使用されるウシ膵臓由来DNase Iよりも効率的にdsDNAとssDNAをモノヌクレオチドに分解します。ゲル電気泳動で確認したところ、ウシ膵臓由来DNase Iによる処理では小型のDNAオリゴヌクレオチドが残存しますが、Baseline-ZERO™ DNaseによる処理では検出されません（図2）。ランダムプライマーを用いた逆転写によりサンプル中のRNAを増幅する場合、混入したDNAもcDNA合成のテンプレートとなってしまうため、RNA調製物からのDNAの除去が特に有益です。

ユニットの定義

25℃で1分間にdsDNA溶液のA₂₆₀を0.001増加させるBaseline-ZERO DNase活性を1分子生物学的単位(Molecular Biology Unit : MBU)とする。また、1 MBUは37℃で10分間に1 μgの直鎖状pUC19 DNAを完全に分解する活性と機能的に同等である。

保存バッファー

50 mM Tris-HCl (pH7.5)、10 mM CaCl₂、10 mM MgCl₂、0.1% Triton^® X-100を含む50%グリセロール溶液

Baseline-ZERO™ DNase 10X 反応バッファー

100 mM Tris-HCl (pH7.5)、25 mM MgCl₂、5 mM CaCl₂

Baseline-ZERO™ DNase停止液

30 mM EDTA

品質管理

Baseline-ZERO™ DNaseは標準的な条件下で直鎖状dsDNAをモノヌクレオチドに完全分解できることが確認されています。1,000 mgのDNAを完全分解するのに十分な量のDNase Iを合成RNA転写物1 mgと終夜インキュベーションした後のPAGE分析により、Baseline-ZERO™ DNaseには検出可能なRNase活性がないことが確認されています。

至適温度/温度不活性

至適温度：37℃
温度不活性：65℃、10分

*特許出願中

図１　様々なDNaseで処理したHeLa RNA調製物のリアルタイムPCR

C_T値（曲線と赤色の線の交差）が小さいほどDNaseによって分解されなかった残留DNA量が多くなります。そのため、Baseline-ZEROTM DNaseによって検出可能なすべてのDNAがRNAサンプルから除去されたことが分かります。TaqManプローブアッセイにより、βアクチンの268bp断片が増幅されました。実験は各サンプルについて２反復で実施しました。

図２　Baseline-ZERO™ DNaseを用いたDNase処理により、小型のオリゴヌクレオチドを除去しました。

レーンM：キロベースマーカー。
レーン１〜４：EcoR?消化したプラスミドDNA160ngを以下の条件において37℃で15分間インキュベーション。
レーン１：処理なし。
レーン２：DNase?を添加。
レーン３：A社のHyperactive DNaseを添加。
レーン４：Baseline-ZERO DNaseを添加。
ゲルの下部に見られる小型の残存オリゴヌクレオチドを除去できたのはBaseline-ZEROだけであることが分かります。

関連製品

• RNase-Free DNase I
• Exonuclease?, E. coli
• Exonuclease?, E.coli
• Exonuclease VII
• Plasmid-Safe™ ATP-Dependent DNase
• Rec J Exonuclease

カタログダウンロード

Epicentre 製品カタログ