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NxSeq™ SARS-CoV-2 Whole Genome Library Kit

NxSeq™ SARS-CoV-2 Whole Genome Library Kitは、SARS-CoV-2ゲノムをカバーするオーバーラップ・ターゲットアンプリコンライブラリーを構築するために必要なターゲティングプライマー、酵素等を提供します。Nxseq SARS-CoV-2 Whole Genome Library Kitで作製されたライブラリーは、イルミナ社シーケンサーで全ゲノムウイルスシーケンシングが行え、SARS-CoV-2バリアントの同定と追跡が可能となります。Wuhan-Hu-1 株 (NC_045512.2) に対するターゲティングプライマーペアを設計、プライマーセットをスクリーニングおよび最適化しており、マルチプレックス化、分析を合理化し、コストを低く抑えるために、高いオンターゲットレートと一貫したアンプリコン収量を生成します。各SARS-CoV-2 分離株のほぼ完全なカバレッジと効果的なバリアント分析を生成するために、各アンプリコンのターゲット領域*は隣接するアンプリコンのターゲット領域と重複しています。

  • 新規と既知のバリアントを同定:98%のSARS-CoV-2ゲノムカバレッジ
  • 迅速で簡単に自動化可能なプロトコール: 小のステップでcDNAから最終ライブラリーまで2時間
  • イルミナシーケンサーで広範な互換性:小さなアンプリコンにより、より多くのプラットフォームで2x150 PEシーケンスが可能です(compared to amplicon panels >350 bp in size, e.g. ARTIC)
  • 高度のマルチプレックスによりコスト削減可能:1440 CDIと均一なカバレッジによりマルチプレックスに対応でき、簡素な分析を可能にします。

特徴

特 徴 詳 細
インプット 陽性RNAサンプルからのシングルストランドもしくはダブルストランドcDNA
SARS-CoV-2ゲノムカバレッジ 98% もしくは 29,355 / ウイルスRNAゲノム29,903全ヌクレオチド
アンプリコン数 341 オーバーラップアンプリコン
アンプリコンサイズ 101 nt 平均ターゲット領域*  2x150 PE シーケンスケミストリー相当
プロトコール時間 2時間(cDNAから最終のライブラリーまで)
提供内容* SARS-CoV-2 targeting primers, PCR及びライブラリー調製のための構成物
インデックス 15種類のインデックスプレート。各プレートは96の異なるcombinatorial dual index(CDI)含有
多検体レベル 最大1440 サンプル(15 index plateを使用時)
推奨シーケンス深度 ~100万リード/ライブラリー(サンプルの品質により減少します。)

*ターゲット領域とは、フォワードプライマーとリバースプライマーの各ペアの 3' 末端間の各アンプリコンの部分を指します。 各アンプリコンのこの部分は使用可能なバリアント情報を提供し、各ターゲット領域は隣接するターゲット領域と重複します。
** cDNA 合成試薬およびクリーンアップ/サイズ選択ビーズは含まれていません。

シンプルかつ堅固な2時間プロトコール

Figure 1. NxSeq SARS-CoV-2 Whole Genome Library Kitの概要

このチャートは、ターゲットアンプリコンシーケンスの基礎的なライブラリー調製方法のイラストになります。合計では341のオーバーラップしたアンプリコンが作製されます。

製品名 容量 Cat.No.
NxSeq SARS-CoV-2 Whole Genome Library Kit 96 反応 GEN-SCV2-0096

キット内容:SCV2 Targeting Primers, Amplification Primer, PCR Master Mix, Sample Dilution Buffer, Indexing Buffer, Indexing Enzyme 1, 2 and 3, Elution Buffer and PEG/NaCl Solution.

下記のインデックスプレートが別途必要となります。

Product Size Cat.No.
Indexing plate 1 96 反応 GEN-9754-001
Indexing plate 2 96 反応 GEN-9754-002
Indexing plate 3 96 反応 GEN-9754-003
Indexing plate 4 96 反応 GEN-9754-004
Indexing plate 5 96 反応 GEN-9754-005
Indexing plate 6 96 反応 GEN-9754-006
Indexing plate 7 96 反応 GEN-9754-007
Indexing plate 8 96 反応 GEN-9754-008
Indexing plate 9 96 反応 GEN-9754-009
Indexing plate 10 96 反応 GEN-9754-010
Indexing plate 11 96 反応 GEN-9754-011
Indexing plate 12 96 反応 GEN-9754-012
Indexing plate 13 96 反応 GEN-9754-013
Indexing plate 14 96 反応 GEN-9754-014
Indexing plate 15 96 反応 GEN-9754-015

各Indexing Plateには96のcombinatorial dual indexes (CDI) が(8) i5 x (12) i7 マトリックスにて含まれます。下記のエクセルでレイアウト、インデックスの配列を確認できます。

ダウンロード

マニュアル NxSeq SARS-CoV-2 Whole Genome Library Kit

Indexing plates - レイアウト及びインデックス配列

For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.

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