製品案内

  • アプリケーションノート
  • キャンペーン情報はこちら
  • デモ機サンプルはこちら
  • 製品動画はこちら
  • 03-3545-5720(東京)
  • 06-6282-4004(大阪)
お問い合わせはこちら

Whole Genome Profiling作製

WHOLE GENOME PROFILING & MAPPING

Whole Genome Profiling (WGP)は、Amplicon Express社とKeyGene社により開発されたテクノロジーです。プール化したBACクローンとイルミナ社Genome Analyzer IIシーケンスを用いて、全ゲノムのためのDNAシーケンスベースのBACコンティグを提供します。WGPは、新規もしくは現在進行中の全ゲノムシーケンスプロジェクトへのコンティグを作製するための優れた手法です。

Whole Genome Profilingの基本的な概要

  1. BACライブラリーの作製もしくは既に構築済みのBACライブラリーのクローンから開始します。
  2. Amplicon社にてBACクローンの統計的なBACプールを作製します。
  3. 高純度に精製したBAC DNAを調製し、エンドヌクレアーゼ処理を行います。次にDNAフラグメントの末端にタグ/ラベルを付加します。
  4. ラベル化されたBAC DNAのプールを次世代シーケンサーであるイルミナ社Genome Analyzer IIにてシーケンスを行い、全てのBACクローン領域において4-6 kbごとに~30 bpリードのギガベースのDNAシーケンスデータを得ます。
  5. 得られたシーケンスデータは、最適化されたFPCソフトウェアで解析を行い、全ゲノムにわたってBACコンティグを構築します。
  6. BACコンティグは、厳密なパラメーターをもつDNAシーケンスタグによってリンクされています。ですので、構築されたBACコンティグは正確で信頼性のおける高密度のPhysical Map(物理的マップ)になります。
  7. WGPデータはシーケンスベースであるので、既存の全ゲノムシーケンスデータをつなぎ合わせることができます。ランダムなシーケンスリードを整列化するのにコンティグの最高の構造が得られます。

WGPの納品物は、全てのWGPシーケンスデータとすぐにデータ分析が可能なFPCプログラムがインストールされているパソコンになります。(BACライブラリーを作製した場合には、384ウェルプレートに整列化したBACライブラリーをグリセロールストックで提供します。)

SnapShotや他のマッピング/フィンガープリントより優れている点

BACクローンは、シーケンスによって互いにリンクしたコンティグにアッセンブルされています。 (他のフィンガープリントテクノロジーのようなフラグメントの長さによるアッセンブルではありません。)フラグメントの長さのデータはシーケンスベースではないため、存在している全ゲノムシーケンスプロジェクトに直接加えることはできません。

WGPでは、興味のある領域がシーケンスデータで見つかった場合、すぐにBACクローンの384ウェルにおける場所を特定でき、下流の実験に使用できます。

既に完了したWGPプロジェクト

Arabidopsis, melon (450 Mbp, de novo sequence), potato(840 Mbp), tomato(950 Mbp)

WGPは、全ゲノムシーケンスプロジェクトを促進させる最適なテクノロジーです。また、WGPデータは、正確な高密度のphysical mapとしても利用できます。

Whole Genome Profiling and Whole Genome Sequencing

Restriction fragments with 30 bp reads on each end

PAGE TOP