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QuickExtract™ FFPE DNA Extraction Kit
フォルマリン固定パラフィン包埋組織から迅速にPCR-Ready DNA回収キット
1液・1チューブでFFPE （formalin-fixed, paraffin-embedded ）サンプルから迅速・簡単にPCR-readyのDNAを回収・調整するキットです。
熱処理のみのプロトコールにより、約1時間でパラフィンの溶解・細胞の溶解・フォルマリンによるクロスリンクの抑制やPCR阻害物質の抑制を行えます。回収・調整したDNAはPCR-readyのサンプルとして使用可能です。PCR以外の用途で使用する場合には、MasterPure™ DNA Purification Kit 等をご使用ください。
特長
- 約1時間でPCRサンプルを調整
- キシレン・フェノールを使用しません
- カラムを必要としません
- リアルタイムPCRおよびPCRに使用可能
用途
- PCRベースの解析
- マイクロサテライト検出
- SNP検出
- コピー数検出
- メチル化解析など
プロトコール
図1：スライドガラスにマウントし、ホルマリン固定パラフィン包埋によって保存したヒトの骨格筋の組織切片からQuickExtract FFPE DNA Extraction Kitを用いて抽出したDNAをPCRで増幅しました。
3種類の異なる遺伝子（腫瘍タンパク質p53 (TP53) 、ジストロフィン (DMD) 、腫瘍壊死因子（TNF)）に対するプライマーを用いて、それぞれ抽出DNAを希釈しないまま2μlを用いてPCRを行いました。
PCR産物は3%アガロースゲル電気泳動で分離し、SYBRR Goldで可視化しました。
レーンM：100bp DNAラダー
レーン1：TP53の第2エクソン
レーン2：TP53の第3エクソン
レーン3：TP53の第11エクソン
レーン4：DMDの第6エクソン
レーン5：DMDの第50エクソン
レーン6；DMDの第3エクソン
レーン7：TNFの第4エクソン
図2：スライドガラスにマウントし、ホルマリン固定パラフィン包埋によって保存したヒトの組織切片からQuickExtract FFPE DNA Extraction Kitを用いて抽出したDNAについて短いタンデムリピート領域 (STR) をPCRで増幅しました。
7種類の異なるSTRの部位に対するプライマーを用いて、それぞれ抽出DNAを希釈しないまま2μlを用いてPCRを行いました。
PCR産物は3%アガロースゲル電気泳動で分離し、SYBRR Goldで可視化しました。
STR配列にある対立遺伝子間の変動は1つのプライマーの組み合わせに対する複数のPCR産物となって現れています。
レーンM：100bp DNAラダー
レーン1：RENA4
レーン2：D3S1358
レーン3：D7S820