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High Molecular Weight(HMW)DNA抽出サービス

Amplicon Express社は、18年以上最高品質の高分子量(HMW)DNAを作製しています。高品質HMW DNAは、大きなインサートDNAをもつBACライブラリーの作製に重要で、様々な生物種から1,800以上のBACライブラリーを作製している実績があります。また、高品質HMW DNAは、ゲノムマッピングシステムであるBioNano Genomics社Irysシステムの利用にとっても重要なキーとなります。Irysシステムは、physical genome mapの作製、whole genome de novo assembly、大きな規模の構造変異の検出に有用です。(BioNano Genomics社Irysシステムの詳細はこちら

動物、植物、昆虫、微生物などの様々な生物種からIrysシステムに最適なHMW DNAを抽出し、アガープラグで提供します。

PFGE写真

Marine fishから抽出した
HMW DNAのPFGE写真

PFGE写真

Nicotiana attenuataから抽出した
HMW DNAのPFGE写真


AmpliconExpress社HMW DNAサービスのIRYSシステムでの実施例

  • お客様:Dr. Klaus Gase, Max Planck Institute for Chemical Ecology
  • 生物種:Nicotiana attenuate(植物)
  • IRYS Labelling enzymes: Nt.BspQI + Nb.BbvCI
  • Single molecule N50: 110kb (raw data N50)
  • Label Density: 12/100kb (on target)
  • IRYS Througput: 2.4 Gb/ scan total throughput、0.66 Gb/scan of usable data (above 150kb)

お客様の声:

“For the HMW DNA isolations Amplicon Express has done so far, the DNA quality for all samples was excellent. When HMW DNA concentration is desirable, we usually obtain fragment sizes N50 > 200 Kb. For some of the samples which the DNA concentration is low, a few extra steps are needed by our team to obtain reasonable concentration for BioNano IRYS Optical Mapping procedure, but it still generates good data.” – Professor Mingcheng Luo, UC Davis

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