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Chromiumライブラリー作製サービス

Amplicon Express社は、Chromiumプラットフォームによるライブラリー作製サービスを提供します。 Chromiumで作製されたライブラリーはイルミナ社プラットフォームでシーケンスが行え、Linked readからLong Range dataを取得することができます。

Chromiumの特長

  • 長鎖gDNA及びイルミナ社シーケンサーを使用可能
  • Short readからLong Range dataを取得!!
  • Linked Readはハプロタイピング、構造変異検出や>5 Mb フェーズブロックを生成
  • <5ngの少量のDNAインプットから正確なヒトサンプルのフェージング
  • フリーソフトウェアツール - 解析用パイプラインとレポート用ソフトウェアは無料で提供(10X Genomics社より提供)
  • 長鎖gDNA抽出作業も可能(by Amplicon Express)

Chromiumプロジェクトのフローチャート

PacBio

*AEX社にてゲノムDNA抽出、もしくは、お客様よりgDNA (~100ng) をご提供頂きます。

Amplicon Express社で作製したChromiumライブラリーは、イルミナ社HiSeq2500に最適化されています。whole genome sequencingにおいてLinked-Readデータはメガベーススケールのフェーズブロックをもたらします。また、欠失や複製を含むCNVsと同様に遺伝子融合のような染色体再配置を解くのに利用されます。

10X Genomics: 既存のNGSシステムの機能を向上させてlong range dataを得られる革新的なシステムを開発しました。Chromiumプラットフォームは、個々の、長鎖DNAをLinked-Readと呼ばれるパワフルで新しいデータタイプと特徴つけるために分子バーコードが使用されています。

Chromiumテクノロジー

テクノロジーの基礎的な部分は、分子バーコード、試薬マスターミックス、ターゲットの高分子量DNAを含むピコリットル液滴を作るための1ng DNAの正確なパーティショニング になります。

Chromiumソフトウェアは、直ぐに利用できる解析パイプラインとバーコードが付加されたshort readデータからフェージング、構造変異を可視化ツールからなります。Chromiumテクノロジーについてはこちら

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