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アプリケーションノート

ゲノム編集のスクリーニング・T7EIアッセイ

T7EIアッセイによるミスマッチの検出は、ゲノム編集研究において、CRISPR-Cas9の機能検証やノックアウトクローンスクリーニングの際に頻繁に使用されます。
CRISPR-Cas9により標的部位に導入された二本鎖切断(DSBs)は非相同性末端結合(NHEJ)による修復を受けますが、修復ミスが起こりがちで、DSB部位周辺に短鎖のindel(挿入・欠損)が生じます。
CRISPR-Cas9後の細胞からゲノムDNA抽出し標的領域をPCR増幅し、PCR産物を変性して再度アニーリングすると、indelが生じたDNAでは野生型とindel断片とのdsDNAを形成します。ミスマッチを含むDNAのみを認識し切断するT7エンドヌクレアーゼIで処理、電気泳動を行うことでCRISPR-Cas9により標的部位が編集されていることを確認します。

QuickExtract DNA Extraction Solutionは、様々なサンプルからPCR-readyのゲノムDNAを迅速かつ効率的に抽出します。QuickExtract Solutionは、シンプルな熱処理プロセス (65℃6分、98℃2分)を採用しており、遠心やスピンカラム、有害な有機溶媒を使用せずに、1~数百サンプルを短時間に抽出を行うことができ、CRISPR-Cas9後のindelのスクリーニングに利用できます。

T7EIアッセイにQuickExtract DNA Extraction Solutionを用いた文献

商品名 容量 Cat.No.
QuickExtract™ DNA Extraction Solution 5 ml QE0905T
50 ml QE09050

容量:5 ml (10回分相当)、50 ml (100回分相当)

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