アプリケーションノート
ゲノム編集のスクリーニング・T7EIアッセイ
T7EIアッセイによるミスマッチの検出は、ゲノム編集研究において、CRISPR-Cas9の機能検証やノックアウトクローンスクリーニングの際に頻繁に使用されます。
CRISPR-Cas9により標的部位に導入された二本鎖切断(DSBs)は非相同性末端結合(NHEJ)による修復を受けますが、修復ミスが起こりがちで、DSB部位周辺に短鎖のindel(挿入・欠損)が生じます。
CRISPR-Cas9後の細胞からゲノムDNA抽出し標的領域をPCR増幅し、PCR産物を変性して再度アニーリングすると、indelが生じたDNAでは野生型とindel断片とのdsDNAを形成します。ミスマッチを含むDNAのみを認識し切断するT7エンドヌクレアーゼIで処理、電気泳動を行うことでCRISPR-Cas9により標的部位が編集されていることを確認します。
QuickExtract DNA Extraction Solutionは、様々なサンプルからPCR-readyのゲノムDNAを迅速かつ効率的に抽出します。QuickExtract Solutionは、シンプルな熱処理プロセス (65℃6分、98℃2分)を採用しており、遠心やスピンカラム、有害な有機溶媒を使用せずに、1~数百サンプルを短時間に抽出を行うことができ、CRISPR-Cas9後のindelのスクリーニングに利用できます。
T7EIアッセイにQuickExtract DNA Extraction Solutionを用いた文献
商品名 | 容量 | Cat.No. |
QuickExtract™ DNA Extraction Solution | 5 ml | QE0905T |
50 ml | QE09050 |
容量:5 ml (10回分相当)、50 ml (100回分相当)